馬丘比丘據考古發現，建造於西元十一世紀，當時是一座極為繁榮興盛的城市。印加人在此建立了農業，雖然地形險峻，但卻有完善的灌溉系統。除了農業區之外，城市還區分為上城和下城。近代考古學家亦發現，馬丘比丘的建築似乎也紀錄著太陽月亮一年中的運行規律。

西元一五三二年，西班牙人擊敗印加王朝之後，只有馬丘比丘因地處深山逃過劫難，而維持了四百年的原貌。直至一九一一年，才由考古學家海倫賓漢Hiram Bingham在荒煙漫草中發現。

經過數十年的挖掘研究，馬丘比丘才得以原貌呈現在世人面前，唯一難以理解的是，為何印加人要將城市建造在群山峻嶺當中？